高尾山の山頂近くに位置する高尾山薬王院は、真言宗智山派の大本山です。その起源は744年、聖武天皇の勅命を受けた行基菩薩が本尊の薬師如来を安置して開山したことに遡ります。永和年間（1375年〜1379年）には京都の醍醐山より俊源大徳が入り、飯縄権現を勧請して中興しました。以来、戦国大名の北条氏や徳川将軍家から手厚い庇護を受け、修験道の霊場として発展した歴史を持っています。

境内の構造は、自然林に囲まれた山の尾根筋の起伏に沿って、参道から山門、堂宇が段階的に配置される山岳伽藍の形式を採っています。その中核をなす「御本堂」は、1901年に再建された重厚な木造建築です。さらにその奥の1段高い場所には、1753年に建立された国指定重要文化財の「御本社（飯縄権現堂）」がそびえ立っています。この御本社は、日光東照宮の流れを汲む精緻な極彩色の彫刻や漆塗りが全面に施された、江戸時代中期の権現造り建築の粋を現代に伝える遺構です。

また、境内各所には飯縄権現の随身とされる「天狗」の像や、修験者たちが滝に打たれる修行を行う「蛇滝」「琵琶滝」の道場が配されています。